iRepertoire 的入门系统
iRepertoire 已为我们的 arm-PCR 和 dam-PCR 技术开发了用于 V(D)J 扩增和测序的多重 PCR 引物混合物。在这些多重 PCR 系统中,针对需要在多重检测中同时扩增的每个 V(D)J 靶标,设计并优化了一组嵌套的内部和外部引物。我们为人类和小鼠物种的所有 TCR 和 BCR 链提供引物、扩增服务和测序服务,以满足您的研究需求,无论它们是什么。
有关 arm-PCR 和 dam-PCR 的更多信息,请参阅我们的扩增技术页面。
iRepertoire 提供几种不同的入门系统
iRepertoire 有多种不同的引物系统,根据目标区域、所需读取长度和物种而有所不同。无论哪种引物系统最适合您的研究,我们所有的引物至少都覆盖了高度可变的 CDR3 区域,因为这通常是多样性和兴趣最大的区域。
我们的引物技术基本上随着测序和读取深度能力的发展而发展。我们的服务始于我们的短读(SR)RNA 兼容人类和小鼠引物,其覆盖范围从框架 3(FR3)到恒定区(C)。这些 SR 引物与 100/150 双端读取(PER)测序兼容。随着测序技术变得越来越先进,我们的长读(LR)引物系统也开始面世。它们覆盖范围从人类样本的 FR1 和小鼠的 FR2,并且都一直延伸到 C 区。iRepertoire 的 LR 引物与 250 PER 测序兼容。
虽然我们通常更喜欢使用 RNA 作为起始模板(请参阅我们关于起始模板选择的LC 文章),但我们了解一些研究人员对 gDNA 的偏好。由于 gDNA VDJ 和 C 域之间的内含子间隙较大,因此需要使用不同的引物组来覆盖 gDNA。因此,我们有 VJ 引物系统,可与 gDNA 一起使用作为起始模板(适用于人类 TCR-Beta 和人类 IgH)。
原始 gDNA 兼容引物 (SR-VJ) 覆盖从 FR3 到 J 基因末端。这些已被我们最新的双索引和 gDNA 兼容 VJ 产品 (LR-VJ) 取代,后者覆盖从 FR1 到 J 基因末端。LR 版本适用于人类 TCR beta 和人类 IgH。这些可在 300 循环试剂盒上以单端读取方式测序,或以 250 PER 测序方式进行全扩增子覆盖。
要了解有关 PER 和测序深度的更多信息, 请参阅有关选择读取长度/深度的指南。